Plusieurs années après les événements des Guerres Extraterrestres, CONTRA suit les aventures d’un groupe paramilitaire renégat dont les membres sont devenus des chasseurs de primes et des chercheurs de trésors au cœur de la Cité Damnée. Pour rester en vie, ils doivent réagir rapidement et utiliser de puissantes armes, voire des implants cybernétiques.